ด้วยการสนับสนุนจากแหล่งทุนทั้งในและต่างประเทศ มูลนิธิศุภนิมิตฯ ได้ดำเนินงานสนับสนุนให้ประชากรข้ามชาติได้รับการคุ้มครองสิทธิและมีคุณภาพชีวิตที่ดีขึ้นเป็นไปตามหลักสิทธิมนุษยชน ต่อต้านการค้ามนุษย์ ส่งเสริมการศึกษา รวมถึงยังมีการดำเนินงานด้านการส่งเสริมสุขภาวะ การเข้าถึงบริการด้านสุขภาพ ควบคุม ป้องกัน และแก้ไขปัญหาโรคติดต่อสำคัญที่ส่งผลกระทบต่อเด็ก ครอบครัว และชุมชน เช่น เอชไอวี/เอดส์ วัณโรค และโควิด-19 เป็นต้น